Selaras dengan kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi serta tuntutan pembangunan yang semakin mendesak menghadapi era globalisasi, pembangunan sumber daya manusia (SDM) di lingkungan Yayasan al-Miftah Panyepen Pamekasan perlu ditingkatkan dan dikembangkan secara berkelanjutan. Untuk memenuhi kebutuhan tersebut pendirian lembaga pendidikan tinggi merupakan suatu alternatif. Berdasarkan hasil studi kelayakan yang dilakukan oleh dewan ahli Yayasan al-Miftah dan beberapa masukan serta saran dari orang tua / wali dan alumni Pondok Pesantren Miftahul Ulum dalam pertemuannya pada tanggal 10 Maret 1994 diputuskan untuk mendirikan Perguruan Tinggi di lingkungan Yayasan al-Miftah Panyepen Pamekasan. Berdasarkan Surat Keputusan Ketua Yayasan a1-Miftah Panyepen Pamekasan, Nomor 25//SK-Yalmi/03/VII/1994 tanggal 14 Juli 1994, maka didirikanlah lembaga pendidikan tinggi yang diberi nama: Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Miftahul Ulum Pamekasan. Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia, Nomor 322 Tahun 1995 STAI Miftahul Ulum Pamekasan, secara resmi memperoleh status “terdaftar”, dengan menyelenggarakan dua jurusan yaitu:
1. Jurusan Syariah Prodi al Ahwal al Syakhsiyah (AS)
2. Jurusan Dakwah Prodi Bimbingan Penyuluhan Islam (BPI).
Sejak berdiri sampai dengan tahun akademik 2003/2004, STAI Miftahul Ulum Pamekasan menunjukkan perkembangan yang cukup berarti dalam upaya mencetak sumber daya manusia (SDM) yang dibutuhkan oleh Yayasan al-Miftah dan masyarakat.
Pada tanggal 01 Oktober 2002 STAI Miftahul Ulum Pamekasan Jurusan Dakwah Program Studi Bimbingan Penyuluhan Islam (BPI) memwisuda 19 orang dan pada tanggal 05 Oktober 2004 sebanyak 26 orang. Dalam perkembangan berikutnya, atas dasar masukan dan berdasar pada aspek kelayakan input, maka pada tahun akademik 2000/2001 STAI Miftahul Ulum Pamekasan berupaya merealisasikan Jurusan Syariah Program Studi al-Ahwal al Syakhsiyah (AS) dan pada tahun akademik 2003/2004 membuka jurusan baru; Jurusan Tarbiyah Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI).
Pada tahun akademik 2009/2010 STAI Mifahul Ulum Pamekasan mengajukan akreditasi ke Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT) di Jakarta sebagai dasar legalisasi penyelenggaraan pendidikan tinggi. Setelah dilakukan visitasi dan penilaian langsung oleh team Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT) pada bulan Juli tahun 2009, maka berdasarkan SK BAN PT Nomor: 114/BAN-PT/Ak-VII/2009, Jurusan Dakwah Program Studi Bimbingan dan Penyuluhan Islam (BPI) dan SK BAN PT Nomor: 113/BAN-PT/Ak-VII/2009, Jurusan Syari’ah Program Studi al Ahwal al Syakhsiyah (AS) memperoleh status terakreditasi. Pada tahun 2010/2011 STAI STAI Mifahul Ulum Pamekasan mengajukan akreditasi ke BAN PT di Jakarta untuk Jurusan Tarbiyah Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI).

B. VISI, MISI DAN TUJUAN
Visi Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Miftahul Ulum Pamekasan adalah Mewujudkan Sekolah Tinggi berbasis keilmuan yang dilandasi aqidah Islam ahlus sunnah wal-jamaah dan berakhlakul karimah, serta memiliki kepedulian terhadap masalah sosial, budaya, kemanusiaan dan tata nilai dalam masyarakat.
Berdasarkan visi tersebut, maka misi STAI Miftahul Ulum Pamekasan adalah :
l. Mencetak insan intelektual dan tenaga profesional yang menguasai ilmu pengetahuan dan teknologi di bidangnya juga dibekali pengetahuan, penghayatan, dan pengamalan ajaran Islam ahlus sunnah wal jamaah;
Menciptakan, mengembangkan, menerapkan dan menyebarluaskan ilmu pengetahuan dan teknologi untuk membangun bangsa serta untuk kesejahteraan rakyat dan kemanusiaan;
3. Mencetak lulusan yang unggul, beriman dan bertakwa kepada Allah SWT, berakhlakul karimah, bersikap ilmiah, profesional, kreatif, mandiri, berwawasan ke depan serta mampu bersaing dan bekerjasama dengan sejawat dalam bidangnya;
4. Mengembangkan kajian-kajian keislaman yang terintegratif (tidak memisahkan antara pengetahuan agama dan pengetahuan umum) artinya semua pengetahuan yang akan dikembangkan, bertumpu pada keyakinan dan pemahaman yang kuat dan pemahaman yang benar.
Adapun tujuan yang ingin dicapai dalam penyelenggaraan pendidikan di STAI Miitahul Ulum Pamekasan adalah:
l. Menyiapkan peserta didik menjadi anggota masyarakat yang memiliki kemampuan akademik dan profesional yang dapat menetapkan, mengembangkan dan menciptakan ilmu pengetahuan dan teknologi.
2. Mengembangkan dan menyebarluaskan ilmu pengetahuan dan teknologi yang bernafaskan Islam serta mengupayakan penggunaannya untuk meningkatkan taraf kehidupan masyarakat.

C. JURUSAN DAN PROGRAM STUDI
STAI Miftahul Ulum Pamekasan telah membuka tiga jurusan yakni; (1) Jurusan Dakwah Program Studi Bimbingan dan Penyuluhan Isam (BPI), (2) Jurusan Syari’ah Program Studi al Ahwal al Syakhsiyah (AS) dan (3) Jurusan Tarbiyah Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI).
Jurusan Dakwah Program Studi Bimbingan dan Penyuluhan Isam (BPI) secara umum bertujuan untuk menghasilkan sarjana agama yang berakhlakul karimah, cakap dan profesional dalam bidang dakwah. Jurusan Syari’ah Program Studi al Ahwal al Syakhsiyah (AS) secara umum bertujuan untuk menghasilkan sarjana agama yang berakhlakul karimah, cakap dan profesional dalam bidang hukum Islam, sedangkan Jurusan Tarbiyah Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) secara umum bertujuan untuk menghasilkan sarjana agama yang berakhlakul karimah, cakap dan profesional dalam bidang pendidikan dan pengajaran agama Islam.